Първият паметен обрат, който Байерн осъществява е и най-значимият. Срещу Атлетико във финала за Купата на европейските шампиони Георг Шварценбек изравнява в последната минута на продълженията. По този начин баварците се добират до преиграване, което печелят с категоричното 4:0. Тогава по две попадения за успеха вкарват Герд Мюлер и Ули Хьонес. Те носят на Байерн първата от трите Купи на Европа.
През 2001 г Байерн сложи край на лошата си серия в най-авторитетния клубен турнир. Немският гранд обаче трябваше да изравнява на два пъти, преди все пак да надделее. Патрик Андерсон игра с ръка в наказателното поле и Валенсия откри резултата от бялата точка. Мехмед Шол се отчете със сериозен пропуск, но Щефан Ефенберг отбеляза за 1:1.
Сблъсъкът се реши с дузпи. При тях Байерн отново изоставаше, след като Пауло Серджо не съумя да реализира. Баварците в крайна сметка спечелиха.
Обратът, който Байерн направи срещу Реал Мадрид на осминафиналите в Шампионската лига през 2007 г бе особено впечатляващ. „Кралския” клуб водеше с 3:1 на почивката на първия мач, но Байерн увеличи шансовете си за класиране напред с гол на Марк ван Бомел. В Мюнхен баварците спечелиха с 2:1 и стигнаха до четвъртфиналите благодарение на повече попадения на чужд терен.
През 2012 г, на осминафинал, Байерн загуби от Базел в Швейцария с 0:1. Тогава автор на гола бе настоящит халф на Херта Валентин Щокер. На реванша обаче баварците се реваншираха на феновете си, отнасяйки „синьо-червените” с 7:0.
Байерн се радваше на победата срещу Реал (Мадрид) с 2:1 в първи полуфинал на Шампионска лига през 2012 г. Два бързи гола на Кристиано Роналдо в реванша обаче развалиха настроението на баварците. Ариен Робен направи общият резултат 3:3, а при наказателните удари Роналдо и Кака пропуснаха и Байерн се класира на финала.
Байерн осъществи най-голямия с и обрат през 2015 г. Немският гранд губеше с 1:3 от Порто, но в реванша победи с 6:1 и с общ резултат 7:4 си осигури място във финалната четворка.
А сега нещо един по-пресен спомен за привържениците на Байерн. 2:2 с Ювентус в Италия, след което баварците се чувстваха комфортно преди реванша. Той обаче започна с две бързи попадения за „бианконерите”. С фантастична игра на Томас Мюлер и Тиаго Алкантара обаче Байерн елиминира Юве.
